中国现行的增值税税法体系规定，对大多数出口货物全额或部分退还国内环节增值税，或者实行出口环节免征增值税，仅对少部分出口货物按国内销售税率征收增值税。《增值税暂行条例》是国务院根据全国人大常委会授权制定的行政法规。《增值税暂行条例》及其实施细则，以及经国务院同意财政部和国家税务总局发布的增值税征税、免税、出口退税等规范性文件，形成了中国增值税税法体系和征管依据。

　　《增值税暂行条例》规定，纳税人出口货物，税率为零；但是，国务院另有规定的除外。2003底增值税出口退税改革之前，大多数货物出口全额退还国内环节增值税（即出口零税率），少部分货物出口实行部分退税（退税率小于国内税率），只有个别货物出口不退税。当然，国内实行免征的货物没有退税。1999年7月1日至2003年12月31日期间，国内按13%征税的尿素货物出口按13%退税率全额退税。自2004年1月1日起，出口退税全面改革，国务院同意由财政部、国家税务总局发文明确取消退税和降低退税率的货物种类逐渐增加，全额退税的货物种类有所减少。取消退税的货物如何征税？2004年3月3日，财政部、国家税务总局在《关于生产企业出口不退税和调低退税率货物有关税收问题的通知》（财税[2004]52号）中首次明确规定，自2004年1月1日起，对出口不予退税的货物，须视同内销征收增值税。2004年3月15日，财政部、国家税务总局在将尿素由11%退税率改为不予退税时，专门规定再出口的尿素货物视同内销按13%税率征收增值税，当然原料中的进项税允许抵扣。

　　国家明文取消退税的货物出口即按内销征收增值税的规定，到目前一直有效。2012年7月1日实施的《关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知》（财税[2012]39号），是经国务院批准财政部、国家税务总局将之前出口环节增值税征收、免税、退税规范性文件重新整合后的新文件。该文件保留了国家明文取消退税的货物出口即按内销征收增值税的规定，并明确规定了一般纳税人出口不予退税货物时，销项税额=出口货物离岸价（折人民币）÷（1+适用税率）×适用税率。小规模纳税人出口不予退税货物时，应纳税额=出口货物离岸价（折人民币）÷（1+征收率）×征收率。

　　所以，除非财政部、国家税务总局再有新的关于化肥出口增值税的专门文件，按目前有效的中国增值税税法文件体系，9月1日之后出口化肥均要视同内销征收增值税。9月1日之后，从一般纳税购进用于出口的化肥总价款中包含的增值税额，可以作为进项抵扣，出口征税后实际税负并不高。但是，计算包含在出口货物离岸价内的关税税额和出口环节增值税销项税额时，有叠加的情况，相当于内含的关税部分加收了增值税、增值税部分加收了从价关税。这有点类似之前化肥出口季节性滑准关税时，基价和出口价格“是否含税”的计算问题。叠加的增值税和关税，与之前视同内销免征时相比，无形中增加了化肥的出口税负。

　　以下以氮磷二元复合肥出口为例，说明征税后化肥出口关税税额和增值税税额的计算方法。2015年度，氮磷二元复合肥出口关税为从价5%。假设氮磷二元复合肥出口货物离岸价（折人民币）为2000元/吨，一般纳税人出口时，应交给海关出口关税额为95.24元/吨（=2000×0.05÷1.05），出口环节增值税销项税额为230.09元/吨（=2000×0.13÷1.13），应交给税务机关的增值税为230.09元/吨减去可以抵扣进项增值税额。而小规模纳税人出口时，应交关税额与一般纳税人相同，应交出口环节增值税额为58.25元/吨（=2000×0.03÷1.03），但购进的原料、运费等不允许有进项税抵扣。

　　 对于出口货物来说，最常见的是增值税退税。出口增值税退税的货物，按照《关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知》（财税[2012]39号）规定，实行免抵退（生产型出口企业）或免退（贸易型出口企业）管理。对于一般纳税人，相当于按内销征税税率与退税率之间的差值征税，与退税率相对应的增值税退税额用于抵扣内销货物应交增值税额，或者退还给出口企业。对于小规模纳税人，出口应退税货物实行免税政策。

 　　为了公平税负，化肥行业应该效仿农药行业，尽快争取恢复化肥出口退税。2003年9月，财政部、国家税务总局发文恢复列名的48种农药国内生产环节增值税，自2004年1月1日起执行。2003年12月，财政部、国家税务总局再次发文明确自2004年1月1日起列名的农药出口实行增值税退税，退税率为11%。目前，这些农药出口仍实行出口退税，农药原药退税率9%，农药制剂退税率为5%。与这次化肥恢复增值税不同的是，农药国内批发和零售流通环节仍实行免税，而化肥批发和零售流通环节也在此次恢复征收增值税的范围。一般情况下，货物出口要争取恢复出口退税，还需要先取消出口关税，成为不再限制出口的货物。随着化肥行业气、电、运、税等优惠政策陆续取消，化肥逐渐脱掉了“特殊商品”的外衣，成为一般商品。在市场配置资源的改革方向和推进“一带一路”战略加大开放程度背景下，恰逢国家需要稳定外贸增长，化肥恢复出口退税也许很快会提上议事日程。